3 R包介绍和安装

别问我怎么修改R包的默认安装位置，这不是初学者该学的东西，把你的精力用在刀刃上。但是我在合集最后会介绍如何修改。

R语言学到后面其实就是学习各种R包和函数的使用。

3.1 什么是R包？

R包是别人整理好的工具包，内置各种函数以及帮助文档等信息，可以用来实现特定的功能。

R包相当于手机里的APP，不同的APP有不同的功能，不同的R包也有不同的功能，比如：有些R包是专门用来画热图的（pheatmap、complexheatmap等），有些R包是专门用来做生存分析（survival、survminer等）的，等。

R语言在安装时会有很多自带的R包（包括base、datasets、utils、grDevices、graphics、stats、methods），这些R包不需要额外安装，都是出场自带的，安装好R语言就能用了。类似于刚买的新手机有很多内置APP，这些内置APP是不用自己额外安装的。

3.2 R包安装

R包就相当于手机里的各种APP，自带的APP很明显是无法满足日常使用的，所以我们需要自己安装其他APP。同理，R自带的R包也是无法满足我们要求的，所以我们也要自己安装其他R包。

安装R包就类似于给手机安装APP，安装方式有多种。比如：

小米手机可以从小米应用商店安装APP，也可以从酷安安装APP，还可以从Google play安装，还可以从官网下载apk文件到本地安装，等；
苹果手机可以从App Store安装，还可以通过巨魔商店安装，也可以本地安装。

R包安装也有多种方法，不同的R包是存放在不同的应用商店的。比较常见的R包安装主要是4种：

从CRAN安装，
从bioconductor安装，
从github安装，
下载安装包本地安装。

随着学习的深入你还会遇见其他安装方法，我列举的这几种是最常见的。

R语言是老外发明的东西，我们要访问老外的东西，由于众所周知的原因，是很困难的。不只是R，其他的东西比如Python、Linux等，都是这样。

所以在安装R包时，我们一定要先修改镜像（mirror）（或者你可以使用魔法，就像你使用Google play需要魔法一样，如果你在国外的话自然是不需要这一步的）。镜像可以简单理解为中国人为了方便自己下载安装，把国外的东西完整复制了一份放到国内，而且会随着国外的更新而更新。使用镜像的好处的不需要魔法我们也可以流畅快速地下载安装R包。

一个R包只需要安装一次即可重复使用，R包也可以更新、卸载、重装，这个道理和手机APP简直是一模一样。

以下是4种R包安装方法的详细介绍，这部分我在哔哩哔哩也有相应的视频介绍，点击即可观看：R语言零基础入门

3.2.1 从CRAN安装

CRAN是最主要的存储R包的仓库，大多数R包都是存储在这里的。

要从CRAN安装，我们首先要修改镜像（如果你人在国外是不需要这一步的）。这个过程在安装好Rstudio之后非常简单，依次点击：Tools-Global Options：

然后按照下图所示依次点击，在列出的镜像中任选一个中国的镜像即可（比如我选择了上海交通大学的镜像），选好之后点击OK即可。这样就修改好镜像了，下面就可以畅快的安装R包了。这种修改镜像只需要1次修改即可，以后从CRAN安装R包都会默认使用你选择的这个镜像，不用每次都改。

比如我们现在想要安装ggplot2这个R包，使用以下代码即可：

install.packages("ggplot2")

这也是默认的安装CRAN中的R包的方式，即：使用install.packages("xxx")。

注释

安装R包时一定要注意，R包的名字不能拼错，大小写也不能错，而且必须加引号，双引号或者单引号都可以，但是必须是英文状态下的！加载R包不需要引号。

3.2.2 从bioconductor安装

医学生/医生学习R语言有相当一部分人是想做生信分析的，绝大多数做生信分析的R包都不在CRAN中，而是存储在bioconductor中，这个网站是专门存储生物信息学分析所用R包的。

这个仓库也是老外建立维护的，所以要安装这里的R包，自然也是先要更改镜像的。

从bioconductor的官方镜像列表中可知，目前中国镜像有以下4个，分别是清华大学的镜像、南京大学的镜像、中国科学技术大学的镜像、西湖大学的镜像，如下所示：

每次在安装bioconductor的R包之前，都要先运行以下代码更换镜像，任选一个运行即可，目前我推荐你使用西湖大学的镜像，原因请看bioconductor有新的镜像选择啦：

# 使用清华大学的镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

# 使用南京大学的镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.nju.edu.cn/bioconductor/")

# 使用中国科学技术大学的镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

# 使用西湖大学的镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")

提示

bioconductor的镜像不像CRAN那样只需要改一次，每次在安装bioconductor的包之前，都需要运行一下修改镜像的代码。但是随着学习的深入，你以后也可以通过修改.Rporfile文件实现1次修改，永久使用！建议初学者就别搞这些花里胡哨的操作了，还是每次都运行一下吧。

运行外以上代码更改好镜像之后，我们还需要先安装一个bioconductor的R包管理器，才能安装bioconductor中的R包，使用以下代码安装bioconductor的R包管理器，也就是BiocManager包：

# 安装BiocManager包
# R4.3.x对应的bioconductor版本是3.18，R4.4.x对应的版本就是3.19了，注意不要搞错，
# 否则会报错哦
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.18")

安装好这个包管理器之后，就可以安装bioconductor的R包了。以后再安装bioconductor的R包时，也不需要再重新安装这个包管理器了。

注意

R语言每年会进行1次版本大更新，时间大约是每年的4月份，bioconductor每年会进行两次更新，时间大约是每年的4月份和10月份。bioconductor的版本和R的版本是有对应关系的，比如R4.2.x对应的bioconductor版本是3.17，R4.3.x对应的bioconductor版本是3.18，R4.4.x对应的是3.19。对于初学者来说，不建议跨版本使用。

通常来说R语言不需要频繁的更新，一般不会影响使用，但是如果你一定要更新的话，建议每年的5月份进行更新，刚好是R和bioconductor同时更新的时间，此时的版本刚好匹配，初学者安装R包出错的概率要小一些。

比如我们要安装一个做差异分析的R包：limma，就可以使用以下代码：

# 每次都要先改镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")

# 改完镜像再安装
BiocManager::install("limma")

这样limma包就安装好了。以后你要安装bioconductor中的R包，就先改镜像，然后使用BiocManager::install("xxx")即可。

3.2.3 从github安装

有一些R包既不在CRAN，也不在bioconductor，而是在github中。要安装github中的R包，建议借助devtools或者remotes包实现。

注意

remotes可以认为是devtools的精简版，其实区别不大，所以我个人比较推荐使用devtools。

首先从CRAN安装devtools包：

# 没改镜像的记得先改镜像
install.packages("devtools")

安装好之后再使用install_github()安装github中的R包，比如，我现在想要安装easyTCGA这个包，使用以下代码即可：

library(devtools)
install_github("ayueme/easyTCGA")

其中easyTCGA是R包的名字，前面的ayueme是仓库所有者的名字。千万不要写错，写错必然报错！

一般你找到这个R包都会有介绍如何安装，直接复制粘贴即可，github左上角也会有名字的，照抄就行，比如：

但是国内访问github是有困难的，如果你的网络不行，那么这个方式大概率你会失败。有的时候即使你能打开github的网页，也不见得你用以上方法就能安装成功。那么这时你可以尝试下面介绍的本地安装。

注意

遇到以下报错，一般都是由于网络问题导致的：

cannot open url: xxxx
timeout xxxx
download from https://api.github.com/xxxx failed

你能上谷歌或者YouTube，不代表你能从github（或者GDC TCGA的官网等）下载东西。

3.2.4 本地安装

本地安装R包就和本地安装手机APP没有任何区别，把安装包下载下来，然后安装就好了。

还是以上面的easyTCGA为例，如果你要本地安装，首先你得下载这个R包到你的电脑上，所以你得找到这个R包的下载地址才行！

在github上面的R包的下载地址都是有规律的，通常都是：https://github.com/xxxx/R包名字

比如：easyTCGA包的下载地址是：https://github.com/ayueme/easyTCGA

打开网址后，按照顺序依次点击：Code-Download ZIP，即可把R包下载到本地了（对你的网络有要求，因为这个网站也是老外的！）。

我下载的R包存放在我的E盘-R-R包，这个文件夹里面，所以存放路径是：E:/R/R包/easyTCGA-main.zip

此时安装包已经下载好了，我们可以借助devtools里面的install_local()函数安装本地R包：

library(devtools)

# 注意你的R包存放路径不要写错！写错必报错！
install_local("E:/R/R包/easyTCGA-main.zip")

本地安装需要注意R包依赖的问题。R包依赖的意思是有些R包是建立在其他R包的基础上的，所以你在安装时需要注意先后顺序，必须先安装某个包然后才能安装另一个包，否则就会出现安装失败。比如easyTCGA就是建立在很多R包之上，所以如果你没提前安装easyTCGA的依赖包，那么在进行本地安装时也会报错。

这是本地安装最大的弊端，install.packages()和BiocManager::install()在安装R包时会自动帮你先安装依赖包，所以不会有问题。

easyTCGA有以下依赖包，需要你先安装好下面的依赖包，才能安装easyTCGA：

# 安装bioconductor上面的依赖R包
# 首先要改镜像，下面是清华的镜像，有时会有问题，可更改其他镜像试试
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager")
if(!require("TCGAbiolinks")) BiocManager::install("TCGAbiolinks")
if(!require("SummarizedExperiment")) BiocManager::install("SummarizedExperiment")
if(!require("DESeq2")) BiocManager::install("DESeq2")
if(!require("edgeR")) BiocManager::install("edgeR")
if(!require("limma")) BiocManager::install("limma")

# 安装cran上面的依赖R包
if(!require("survival")) install.packages("survival")
if(!require("broom")) install.packages("broom")
if(!require("devtools")) install.packages("devtools")
if(!require("reshape2")) install.packages("reshape2")
if(!require("data.table")) install.packages("data.table")
if(!require("ggplot2")) install.packages("ggplot2")
if(!require("ggpubr")) install.packages("ggpubr")

以上安装R包的代码我加了一个if判断语句，意思是：如果我已经安装了这个R包，就不要重复安装了，如果没安装，就帮我安装。

3.3 其他安装方法

除了以上介绍的安装方法外，还有一些R包的安装方法比较特殊，这里给大家简单介绍下，就以mlr3proba为例。这个R包由于一些原因不在CRAN中，如果你要安装Github版本，可以按照以下代码安装：

remotes::install_github("mlr-org/mlr3proba")

但是如果你要使用install.packages()函数安装，需要按照如下方式进行：

install.packages("mlr3proba", repos = "https://mlr-org.r-universe.dev")

3.4 终极大法

直接百度、谷歌、必应。

比如一个叫linkET的包，你不知道怎么安装，直接搜索啊：

3.5 R包常见报错

1. 载入了名字空间‘rlang’ 1.0.1，但需要的是>= 1.0.2

`rlang`包的版本太低了，你需要先安装1.0.2以上版本的`rlang`，记得直接关闭Rstudio，重新打开再安装

2. 不存在叫‘latticeExtra’这个名字的程辑包

首先看看自己的拼写错了吗？标点符号有错误吗？没问题就安装这个`latticeExtra`包即可

3. 程序包安装入‘C:/Users/xxx/AppData/Local/R/win-library/4.2’(因为‘lib’没有被指定)
Warning in install.packages : package ‘limma’ is not available for this version of R
A version of this package for your version of R might be available elsewhere

`limma`包在bioconductor上，不在CRAN上，要通过`BiocManager`安装。

4. 安装程序包‘mapproj’时退出狀態的值不是0

大概率依赖包没装好。

5. library(lsmeans) Error: 找不到‘lsmeans’所需要的程辑包‘emmeans’

缺什么就安装什么。找不到`emmeans`就安装`emmeans`。

6. 用devtools从github安装包，无论是直接安装还是本地安装，都报timeout错误

github在国外，访问国外的网站你得科学上网，你网络行吗？你能访问谷歌不代表你能从github下载东西。

7. 安装r包时出现：update all/some/none?

问你要不要：更新所有R包/部分R包/不更新？输入n就行了，表示不更新。

8. library(tidyverse)出现一大推字

── Attaching core tidyverse packages ────── tidyverse 2.0.0 ──
✔ dplyr     1.1.2     ✔ readr     2.1.4
✔ forcats   1.0.0     ✔ stringr   1.5.0
✔ ggplot2   3.4.2     ✔ tibble    3.2.1
✔ lubridate 1.9.2     ✔ tidyr     1.3.0
✔ purrr     1.0.1     
── Conflicts ──────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
✖ dplyr::lag()    masks stats::lag()
ℹ Use the conflicted package to force all conflicts to become errors

正常的，不用管，只要没有`Error`就没事。